SISAL est une association sans appartenance politique ni religieuse, centrée sur la lutte contre les IST/VIH/SIDA. Ses statuts ont été déposés et enregistrés auprès des autorités malgaches compétentes en juin 2000.

Elle est composée d’une vingtaine de membres issus de différents corps de métier : médecins, travailleurs sociaux, juristes… Elle compte aussi des associations et organisations représentatives des usagers des services développés par SISAL, en particulier les professionnels du sexe et les jeunes.

L’Assemblée Générale (AG) de SISAL se réunit au minimum une fois par an (AG ordinaire pour examiner le rapport moral et financier de l'année écoulée, et définir les orientations et les objectifs stratégiques  du programme à réaliser). C’est l’organe suprême de Sisal.

Elle élit un Bureau Exécutif (BE), qui assure la mise en application des directives et résolutions adoptées en Assemblée Générale et dirige l'Association. Il est constitué d’un Président, un Trésorier, un Secrétaire Général et 3 Conseillers (issu des Conseils Régionaux),  qui assurent le suivi des activités, dont l’exécution est confiée au Coordonnateur national (salarié).

Les membres du BE sont élus en Assemblée Générale pour un mandat de 2 ans. Ils se réunissent tous les trimestres pour assurer la supervision et le suivi des activités réalisées, en approuver les rapports présentés par le Coordonnateur, valider les dépenses engagées et donner l’aval pour celles à engager.

Le BE veille également au bon fonctionnement des Assemblées et Conseils régionaux, composée dans chaque région où SISAL est représenté, des membres issus de cette région. Chaque Conseil Régional désigne un de ses membres pour le représenter en tant que Conseiller au sein du BE.

Sisal dispose aussi d’un Règlement intérieur (voir Annexe) qui définit le mode de fonctionnement de l ‘Association, le mandat des différentes instances et leurs interface

Sisal dispose d’une équipe opérationnelle salariée chargée des prestations et de l’exécution.
L’organigramme de Sisal ainsi que le Règlement Intérieur sont joints en annexe.